2002年1月30日，國務院頒布了《排污費征收使用管理條例》(國務院令第369號，以下簡稱《條例》)?！稐l例》解釋了實施排污收費的目的，是為促進企事業(yè)單位加強經(jīng)營管理，節(jié)約和綜合利用資源，治理污染，改善環(huán)境，并對排污收費制度的征收、管理、使用和監(jiān)督作了詳細規(guī)定。

《條例》從2003年7月1日開始在全國統(tǒng)一施行，到今年7月為止，排污收費已走過整整12個年頭。盡管該制度對遏制環(huán)境污染起到了一定作用，但目前看來，總體效果不甚理想。

一是排污費被截留、挪用?！稐l例》中對排污費的使用做了明確要求，規(guī)定不再用于環(huán)保部門自身建設，全部以撥款補助或貸款貼息的方式用于重點污染源和區(qū)域污染防治、污染防治新技術、新工藝的開發(fā)、示范和應用等?？汕闆r是，在實際操作過程中，直到現(xiàn)在，仍有很多地方的環(huán)保部門把從企業(yè)收上來的排污費，用于人員開支、日?；ㄤN等。而規(guī)定中要求的“收支兩條線”，排污費納入財政預算、列入專項資金管理，不少環(huán)保部門也做得不夠到位，往往截留排污費，直接作為自己單位的“小金庫”。

財政部駐山東省財政監(jiān)察專員辦事處劉忠慶曾參加某省9市2003年下半年至2006年排污費收繳使用情況檢查。接受檢查的9個市中，排污費用于環(huán)保部門公用經(jīng)費和環(huán)境監(jiān)管能力建設支出的高達4.2億元，占支出總額的64%。排污費違規(guī)支出主要包括：購置別克旅行車、獵豹越野汽車等17部車輛支出160萬元；購置電腦、復印機、打印機等支出200萬元；建辦公大樓等。據(jù)劉忠慶透露，某市環(huán)保局2004年共有人員65人，預算內(nèi)人均經(jīng)費不足1萬元，就靠“吃”排污費來維持正常運轉，其擠占排污費占預算內(nèi)經(jīng)費的比例高達198%。

二是排污費征收不力。之前有業(yè)內(nèi)人士進行過測算，2013年以二氧化硫、氮氧化物、化學需氧量、氨氮等4項指標為主的全國排污費征收總額應為575億元，但當年實際征收的費用只有216億元，不足應征收總額的40%。

業(yè)內(nèi)人士反映，雖然排污費收費標準是全國統(tǒng)一的，但實際的情況是，由于收支往往是一條線，所以排污收費過程中隨意性很強，罰多少，收多少，都容易受到人為因素的干擾，一頓飯、一個條子、一個電話都能讓排污收費減免。

“這種現(xiàn)象在全國都存在。比如本來應該收1萬元但是卻收5000元，環(huán)保部門得到了錢，企業(yè)享受到了優(yōu)惠，皆大歡喜?！眹鴦赵喊l(fā)展研究中心資源與環(huán)境政策研究所副所長常紀文說。

2013年，環(huán)保部發(fā)文稱，根據(jù)《水污染防治法》規(guī)定，排污企業(yè)所排放污水進入城鎮(zhèn)污水處理廠并繳納污水處理費，且城鎮(zhèn)污水處理廠達標排放的，屬政策性免征企業(yè)。這一政策原本是想避免雙重收費，減少企業(yè)的負擔，但演變成了免費公開排污的保護傘。污水只要排進污水處理廠交了污水處理費，排污企業(yè)就可不用再繳排污費。至于污水處理廠能否消納這些污水并做到達標排放，就不關企業(yè)什么事了。

有專家指出，每個省區(qū)市都有大量重點污染企業(yè)因“政策性免征”，成了長期污染大戶。結果不但不能實現(xiàn)減排目標，反而滋生了尋租行為。

2008年5月，貴州省清鎮(zhèn)市人民法院對清鎮(zhèn)市環(huán)保局原局長楊貴斌濫用職權一案作出一審宣判，判處有期徒刑3年。楊貴斌就任清鎮(zhèn)市環(huán)保局局長期間，違反規(guī)定，對清鎮(zhèn)市轄區(qū)內(nèi)多家企業(yè)排污費實行協(xié)商收費。2004年至2006年，擅自做主對貴州水晶集團、貴州化肥廠、清鎮(zhèn)發(fā)電廠等13家排污企業(yè)，“政策性免征”，少征收了4000余萬元排污費。

三是污染物的排放核定工作不規(guī)范。按照《條例》規(guī)定：環(huán)保部門負責污染物排放的核定工作。具備監(jiān)測條件的，要按規(guī)定的監(jiān)測方法進行核定；不具備監(jiān)測條件的，才允許按物料衡算方法進行核定。而在實踐中，不少地方環(huán)保部門為了圖省事，不管是否具備監(jiān)測條件，都一律采用按照物料和能耗來折算、核算，而這也導致地方環(huán)保部門工作人員最終核定的數(shù)據(jù)很多時候不夠準確，甚至相去甚遠。

四是各地排污費標準不統(tǒng)一。全國政協(xié)委員、全國政協(xié)提案委員會主任孫淦在今年全國“兩會”上說，雖然京津冀三地的環(huán)境質(zhì)量標準均執(zhí)行的是國家標準，但是各地的污染物排放收費標準卻大不相同，且差距明顯。京津冀三地排污收費標準大約為9∶7∶1，河北僅為北京排污收費標準的1/9。

除以上問題外，現(xiàn)行的排污收費制度還存在著征收標準偏低、范圍過窄等問題。而最大的問題則是--近年來我國的環(huán)境污染狀況愈發(fā)嚴重。